신세계, 31억 종부세소송 2심 승소… 유사 판결 이어질 듯

신세계가 30억원대 종합부동산세를 취소해달라는 소송을 내 2심에서 승소했다.

이번 판결은 지난 7월 대법원이 2009년 이후 부과된 종부세 일부에 대해 이중과세라고 판단한 취지를 따른 것이다. 이미 종부세 부과처분을 받은 기업들이 다수 있어 향후 유사 판결이 이어질 것으로 보인다.

서울고법 행정11부(재판장 안철상 부장판사)는 신세계와 이마트, 신세계건설, 조선호텔이 남대문세무서 등 3곳을 상대로 낸 '종합부동산세 부과처분 등 취소소송' 항소심에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 원고 승소 판결했다고 9일 밝혔다.

판결이 확정되면 4개 회사는 잘못 부과된 종합부동산세와 농어촌특별세 등 총 31억 2113만원을 돌려받게 된다.

재판부는 관련 법규정 개정에 따라 재산세와 종부세를 산정하는 계산식이 변경됐지만 4개사에 부과된 세금에는 이런 내용이 제대로 반영되지 않았다고 판단했다. 재판부는 "2009년 개정된 옛 종합부동산세법 시행령 계산식에 따라 공제되는 재산세액은 재산세와 종부세 공정시장가액비율 중 적은 비율에 따라 산정해야 한다"고 지적했다.

2심과 달리 1심은 시행규칙 계산식을 적용한 세금 부과처분이 정당하다고 보고 세무당국의 손을 들어줬다.

지난해 대법원은 34개 기업이 단체로 낸 조세소송에서 200억원대 세금을 돌려줘야 한다는 취지의 판결을 내놓았다. 2009년 이후 국세청이 종부세 공제금액을 계산할 때 '공정시장가액 비율'을 적용한 것은 이중과세라는 것이다.

현행 종부세법상 기업은 상가, 사무실 부속 토지가 80억원이 넘으면 종부세를 내야 한다. 예를 들어 부속토지 공시가격이 100억원일 경우, 과세 기준인 80억원을 빼면 나머지 20억원이 과세대상이 된다. 국세청은 이 20억원에 상응하는 재산세를 공제하는 식으로 이중과세 논란을 피해왔다.

국세청은 이 20억원을 공제하면서 공정시장가액 비율 80%를 적용, 16억원을 기준으로 종부세 공제액을 산정해왔다. 그러나 지난해 대법원이 세금을 깎아주는 데 이 비율을 적용하는 것은 위법이라고 판결하면서 공제액은 16억원이 아닌 20억원을 기준으로 판단하게 됐다.

한편 세무당국은 2011년 신세계, 이마트, 신세계건설, 조선호텔을 상대로 종부세와 농특세 총 249억 7258만원을 부과했다. 4개사는 이에 불복해 조세심판을 청구했고 조세심판원이 이를 받아들이지 않자 2012년 7월 소송을 냈다.

4개사는 "동일한 과세대상에 대해 재산세와 종부세를 중복 부과하면 이중과세로 법률 위반이고, 종부세를 산정할 때 재산세로 부과된 세액을 공제해야 하는데도 재산세액 일부를 제대로 공제하지 않았다"고 주장했다.