이번 세제개편안의 초점의 한 축은 미래성장동력 산업확충을 지원하는 것이다.
이를 위해 정부는 해외자원개발사업에 투자하는 기업에게 투자금액의 3%를 법인세·소득세에서 세액공제를 하고 각종 연구개발 및 설비투자에 대한 세제지원을 확대키로 했다.
재경부는 생산성 향상 시설에 투자하는 기업에 보다 많은 혜택을 주기 위해 세액공제 대상을 USN(Ubiquitous Sensor Netwok) 시스템설비를 추가하거나 서비스 로보트 등을 투자하는 경우에도 투자금액의 3%(중소기업은 7%)의 세액을 공제한다.
또한 내년부터 개성공업지구에 투자해도 국내투자와 동등하게 취급해 임시투자세액공제를 허용키로 했다.
환경경영에 대한 기업의 관심이 높아지는 가운데 환경설비투자 등에 대한 세액공제도 현행 3%에서 7%로 상향조정할 방침이다.
또한 금융기관이 적금이나 보험 등의 계약이나 수금에 필요해 지출한 비용인 일명 '모집권유비'가 접대비 항목에서 제외된다.
아울러 금융기관 지배구조 개선을 지원하기 위해 금융기관 등의 주주가 올해 말까지 금융기관 등의 주식을 금융지주사 주식과 교환하거나 금융지주사에 이전하는 경우 과세특례를 제공하던 것을 오는 2010년까지 일몰기간을 연장키로 했다.
정부는 이와 함께 물류산업 발전을 위한 세제지원 방안도 제시했다.
우선 제3자 물류전환 화주기업에 대한 세제지원을 위해 내년부터 제3자물류기업으로 위탁하는 화주기업에 대해 3%의 세액공제를 해주기로 했다.
환경과 에너지 산업 지원을 위해 올해 말 일몰 예정인 바이오디젤 원액에 대한 교통·환경·에너지세를 2010년까지 일몰기한을 연장할 예정이다.
특히 재경부는 중소기업의 가업상속 지원을 위해 가업상속이 현행 상속공제액 1억원에서 최대 2억원 또는 가업상속재산가액의 20%내로 공제한도를 확대키로 했다.
이외에도 오는 2009년부터 파트너십의 소득에 대해 법인세를 과세하지 않고 파트너에게 배분하는 단계에서 파트너에게 소득세를 부과하는 '파트너십 과세제도'를 도입할 방침이다.