해수부에 따르면 해양과학기술원은 2005년 6월 정부의 공공기관 지방이전계획에 따라 2009년 10월 안산시에서 부산광역시 동삼동 혁신도시로 청사를 이전하는 계획을 수립했고 2012년 3월 이사회 의결을 통해 안산 구청사를 매각키로 했다.
이후 2012년 5월 최초 매각공고 당시부터 안산 구청사의 토지, 건물, 수목 등에 대한 일괄 매각을 추진했고 2019년 5월부터 8월까지도 매각공고를 진행했다.
해수부는 감사과정에서 행정부장이 2019년 3월께 원장의 지시를 받아 신청사의 외부환경 개선을 위해 안산 구청사 수목을 이식하는 방안을 검토했으나 이식비용 과다 등의 문제가 발생하자 수목 일부를 매각하고 그 수입으로 조경공사를 시행하는 방안을 보고 후 실행에 옮긴 사실을 확인했다.
행정부장은 2018년 7월부터 안산 구청사 매각업무를 총괄하면서 수목이 매각자산에 포함된 것을 이미 인지하고 있었고 원장도 2019년 5월 안산 구청사 매각자산에 수목이 포함된 문서의 결재과정을 통해 이러한 사실을 인지한 사실을 확인했다.
원장과 행정부장은 이사회 보고나 의결 등 승인절차 없이 2019년 6월께 안산 구청사의 수목 일부(2475주)를 특정업체를 통해 무단으로 처분했고 매매계약서를 작성하지 않아 수목대금을 회수할 권리도 확보하지 못하는 등 재산상 손실(감정평가금액 3억6100만 원)이 발생했다.
해수부는 이 같은 객관적인 사실관계 및 입증자료를 근거로 관련자들이 단순한 행정적 실수가 아니라 고의로 매각 자산을 무단 처분한 것으로 보고 원장은 해임, 행정부장은 파면을 요구하고 수목 대금의 조속한 회수를 해양과학기술원에 통보했다.
김웅서 원장은 2018년 5월 취임했으며 2년 정도 임기가 남은 상황이다.
아울러 감사과정에서 업무방해 및 배임 등의 존재 가능성도 확인돼 2019년 12월 30일 원장 및 행정부장에 대해 배임 및 업무방해 혐의로 수사의뢰했다.
수목을 반출한 업체에 대해서는 수목 대금에 상응하는 금액만큼 해양과학기술원 신청사의 조경공사를 시행한다는 약속을 이행하지 않은 데 대해 사기혐의로 수사의뢰했다.