대법 “업무상 소프트웨어 위탁 개발, 세액공제 대상 아냐”

LS증권, 영등포세무서 상대로 행정소송 제기
대법, 사건 파기·환송…“과학 진전 활동 아냐”

▲ 서울 서초동 대법원. (연합뉴스)

금융기관의 전산시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하지 않아 세액공제 대상이 아니라는 취지의 대법원 판단이 나왔다.

19일 법조계에 따르면 대법원 2부(주심 권영준 대법관)는 최근 LS증권이 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소 소송에서 원고 측 손을 들어줬던 원심 판결을 파기·환송했다.

LS증권은 2011년 8월부터 1년 동안 LG CNS에 차세대 전산시스템 개발을 위탁하고 개발비로 약 286억 원을 지급했다. 새로운 전산시스템을 통해 금융투자 관련 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위함이었다.

이후 2015년 1월 LS증권은 LG CNS에 지급한 개발비 중 소프트웨어 개발비와 인건비 등 약 155억 원이 ‘구 조세특례제한법(조특법)’에 따른 세액공제 대상에 해당한다며 영등포세무서장에게 법인세 일부를 환급해달라고 했다.

구 조특법 제10조 제1항은 ‘내국인이 각 과세 연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 과세 연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정한다. 같은 법 제9조 제5항은 연구개발을 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 명시하고 있다.

영등포세무서는 LS증권의 요청을 받아들이지 않았다. 이에 LS증권은 영등포세무서장을 상대로 법인세 경정청구 거부 처분 취소 소송을 냈다.

2020년 5월 1심은 원고인 LS증권의 청구를 기각했다. LS증권이 지급한 개발비가 과학기술 활동과 무관한 서비스 활동의 위탁 비용일 뿐이라는 것이었다. 당시 재판부는 “이 사건 시스템 개발은 쟁점 세액공제 규정의 요건을 충족하지 못하거나, 쟁점 예외 규정에 해당해 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다”고 판시했다.

2021년 9월 2심은 1심 판결을 뒤집었다. 항소심 재판부는 “이 사건 시스템에 의해 구현된 금융투자기술은 기존의 수준보다 상당한 정도로 진전돼 업무 절차, 시스템, 서비스의 주요한 개선을 이룬 것으로 구 조특법 제9조 제5항의 기술적 진전이 있었다고 볼 수 있다”고 했다.

대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 환송했다. 재판부는 “과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소해 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없다”며 “서비스 활동의 위탁연구개발비는 쟁점 세액공제의 적용 대상이 아니다”라고 봤다.