남의 논문 베껴 R&D 세액공제?…국세청, 864개 기업 270억 추징

타인 논문 도용 제출·연구원 허위 등록 등 부당 공제 적발
선의 납세자 위한 연구･인력 개발비 세액공제 사전 심사 제도 추진

▲사진은 기사와 직접적 관련 없음.

#재활의학 병원인 A 기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 수천만 원에 대해 연구·인력 개발비 세액공제를 신청했으나 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 인용하고 재활치료 장면 사진 모방, 검증 수치를 단순 변형해 연구개발 활동을 한 것으로 가장했다. 또한, 사후관리 과정에서 제출한 연구보고서, 연구노트 등 연구개발 증거자료와 사후관리 해명자료를 컨설팅 업체가 대리 작성해 주고, 사후관리 결과 세액공제가 부인되자 용역계약을 해제하는 등 불법 컨설팅 정황도 포착됐다. 이에 국세청은 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 단순 인용해 부당하게 공제받은 인건비 수천만 원을 추징했다.

#교육서비스업을 영위하는 B 기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 수천만 원에 대해 연구·인력 개발비 세액공제 신청했다. 그러나 B 기업이 수행한 활동은 교육서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업 활동으로 세법상 연구개발에 해당하지 않았다. 특히 기획, 홍보, 교육 운영 등 관리 및 지원 업무를 수행하는 강사 및 일반직원을 연구원으로 허위등록한 사실도 확인됐다. 국세청은 연구원으로 허위 등록한 강사 및 일반직원의 인건비를 부인하고 수천만 원을 추징했다.

국세청은 지난해 연구개발(R&D) 관련 신고자료 및 현장 정보를 통해 부당공제 혐의를 검증한 결과, 864개 기업을 적발하고 270억 원을 추징했다고 20일 밝혔다.

국세청 관계자는 "연구･인력개발비 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 매년 사후관리를 실시해 엄격하게 관리하고 있다"며 "그럼에도 연구개발 활동은 하지 않고 허위 연구소를 설립해 부당하게 세액공제 받는 등 제도를 악용한 조세회피 행위가 근절되지 않고 있다"고 설명했다.

▲연구개발(R&D) 세액공제 사후관리 추징 현황 (자료제공=국세청)

실제로 R&D 사후관리 추징 건수는 2021년 155건에서 2022년 316건, 2023년 771건, 지난해 864건으로 큰 폭의 증가세를 보이고 있으며, R&D 사후관리 추징 세액 역시 2021년 27억 원에서 2022년 64억 원, 2023년 144억 원, 지난해 270억 원 등 4년 만에 약 10배나 늘었다.

이 관계자는 "연구･인력개발비 세액공제 업무를 전담하는 본청의 전문심사관과 지방청 전담팀이 그간 과세 사각지대에 있던 연구개발 활동을 집중 검증해 지난해 364개 기업에 대해 116억 원을 추징했다"고 추징 건수와 세액 증가세에 대해 설명했다.

이와 함께 국세청은 고율의 공제가 적용되는 신성장･원천기술 및 국가전략기술 세액공제 법인을 전수 분석해 일반 연구개발 공제율 대신 높은 공제율을 적용한 69개 기업의 과다공제세액 62억 원을 추징했다.

또한 연구개발 활동에 대한 검증 외에도 과기부 등 관계 부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나, 연구소 인정 취소된 기업 등에 대한 자료를 수집･분석한 후 검증해 178개 기업에 대해 30억 원을, 연구개발 등을 목적으로 국가와 지방자치단체 등으로부터 지급받아 지출한 연구개발출연금을 세액공제 신청 시 제외하지 않고 과다공제 받은 48개 기업·15억 원도 추징했다.

▲R&D 세액공제 사전심사 사례_1 (자료제공=국세청)

한편, 국세청은 악의적인 부당공제에는 엄정히 대응하는 한편, 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구･인력개발 활동에 전념할 수 있도록 연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 지원하고 있다고 설명했다.

연구･인력개발비 세액공제의 경우, 세법상 연구개발 활동, 공제 대상 비용 등에 해당하는지 납세자가 쉽게 판단하기 어렵고, 납세자와 과세관청 간 이견이 존재하는 경우가 상당하다.

국세청 관계자는 "연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 적정 여부를 사전에 확인해 주고 있다"며 "법인세 신고, 소득세 신고 전에 빨리 사전심사를 신청해 도움을 받길 바란다"고 말했다.

지난해 사전심사 신청 건수는 2504건에 달하며 제도 시행 후 꾸준히 늘고 있는 추세다.

국세청은 올해 사전심사 우선처리 대상에 ‘밸류업 표창 중소기업’, ‘국가전략기술’ 심사 신청기업을 추가하여 연구개발 기업의 경쟁력 강화를 지원할 예정이다. 또한 연구개발 수행기업을 대상으로 온라인설명회, 납세자 세법교실 등 교육도 확대한다.

국세청 관계자는 "연구･인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 통해 기업의 성실신고를 지원하고, 연구･인력개발 투자를 촉진해 기업의 대외 경쟁력 강화와 성장잠재력 확충에 도움이 되도록 노력하겠다"라면서도 "연구･인력개발비 세액공제 제도를 불법적으로 악용해 국가 재정의 건전성을 저해하고, 공정 과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제에 대해서는 강력하게 대처하겠다"고 강조했다.