ETF는 유통시장에서 주식과 동일한 방식으로 거래되지만 적용되는 과세에는 차이가 있다. ETF 투자자가 부담하는 세금은 ETF 매도 시 부과되는 거래세 및 매매차익 과세 그리고 분배금 지급 시 부과되는 배당소득세로 나누어 볼 수 있다. 하지만 이와 같은 과세체계는 투자하는 기초자산이 국내주식인지 아닌지에 따라서도 다르다. 그러므로 ETF 투자자는 투자하고자 하는 ETF가 어떤 과세유형을 적용 받는지 자세히 살펴보아야 한다.
유통시장에서 ETF를 매도하는 경우 별도의 거래세는 부과되지 않는다. 또한 TIGER 200과 같이 국내주가지수를 그대로 추적하는 국내주식형 ETF는 매매차익(매도가격과 매수가격의 차이)에 대한 과세도 없다. 하지만 그 외에 해외지수, 원자재 등에 투자하는 ETF는 매매차익과 과표기준가격 상승분 중 작은 것을 기준으로 하여 소득세가 부과된다. 다만, TIGER 국채3, 레버리지, 인버스와 같이 채권 및 국내주식 관련 장내파생상품에 투자하는 ETF는 과표 상승분이 거의 발생하지 않아 현 과세제도 하에서도 소득세를 내는 경우는 극히 드물다.
개인 투자자들의 많은 거래가 있는 TIGER 레버리지 ETF의 경우 주된 투자대상이 장내파생상품(선물)과 KOSPI 200 주식 또는 KOSPI 200 ETF이다. 여기서 발생하는 매매차익은 과세 대상에서 제외이며, 배당이익은 과세대상이다.
일일수익률 2배를 위해 선물투자시 증거금이 필요하고, 이것이 비용으로 계산되기 때문에 과표기준가가 오히려 하락하기도 한다. 따라서, 연말 또는 3월 말에 예상 배당이 반영돼 과표가 상승하는 특정일을 제외하고는 과표기준가가 거의 마이너스 되며, 배당소득세 또한 0이 되는 경우가 많다.
ETF는 배당?이자수익 등으로 인해 추적오차(ETF 좌당 순자산가치의 변동률과 추적대상지수의 변동률의 차이)가 발생하면 추적오차율 최소화 등을 위해 분배금을 지급한다. 분배금 또는 배당금 지급 시 15.4%(배당소득세 14%+주민세 1.4%)의 세금이 부과된다.