남양유업의 엄격한 품질경영은 연구소에서도 찾아볼 수 있다. 2010년에 300억원을 투자해 최신식 설비로 준공한 남양유업 중앙연구소는 2001년 9월 KOLAS(국가공인시험기관 인증)을 획득한 국가 공인 연구소이다. 남양유업 중앙연구소의 식품안전센터는 지난 12월, 영국식품환경연구청(The Food and Environment Research Agency)이 주관하는 분석능력평가인 FAPAS에서 전 세계 115개 분석기관 중 1위를 차지했다.
남양유업 분유 공장에는 총 100여개의 헤파필터가 작동하고 있어 위험이 존재할 가능성을 미리 차단한다. 헤파필터란 7중 거름 장치를 통해 공기 내의 유해 성분을 완벽히 걸러내는 최첨단 정화장치로 이 정화장치를 통과하지 않은 공기는 분유 생산 및 충진시설이 있는 공장 안으로 진입할 수가 없다. 남양유업 공장에는 내부의 기압을 외부보다 상시 높게 유지하는 양압(陽壓)시스템이 가동 중이기 때문이다.
이러한 노력의 결과로 남양유업은 HACCP, PMO, ISO22000 등 식품 안전에 관한 한 최고의 권위를 자랑하는 여러 공식 인증들을 획득했다. 지난 3월에는 2012년 IDF Regional Conference에 참석차 방한한 IDF 회장단이 한국의 선진 식품안전시스템 견학업체로 남양유업을 선정, IDF의 리차드 도일 회장과 사무총장 등 방문단이 남양유업 중앙연구소와 공주공장을 견학·방문하기도 했다.