(사진=한국프로축구연맹 홈페이지)
대신 중고등학교를 졸업하고 고려대학교에 진학한 그는 2006년 FC 서울에 입단하며 프로 무대에 첫 발을 내디뎠지만 주전으로 도약하지 못했고 이듬해 곧바로 광주 상무(상주 상무의 전신)에 입단했다. 상무에서의 첫 시즌 27경기에 출장하며 살아나는 듯한 모습을 보였지만 크고 작은 부상이 이어지면서 어려움을 겪었고 전역 후 서울로 복귀했지만 여전히 주전과는 거리가 멀었다.
2010년 일본 J2리그 도치기 SC에 임대로 진출해 일본 무대를 경험했고 이듬해 다시 서울로 복귀해 15경기에 나서며 기량을 되찾았지만 또 다시 부상이 발목을 잡았다. 2012 시즌을 앞두고 서울을 떠나 부산으로 이적했지만 단 한 경기에도 출장하지 못한 채 올시즌 2부리그격인 K리그 챌린지 소속의 고양으로 이적했다.
비록 잦은 부상으로 프로무대에서 아직까지 제 기량을 제대로 발휘하지는 못한 여효진이지만 2002 한일월드컵 당시에는 거스 히딩크 감독의 눈에 띄어 연습생의 신분으로 월드컵 4강 신화에 조연 역을 담당하기도 했다. 연령대별 청소년 대표를 두루 거쳤고 유니버시아드 대표와 대표팀 상비군 등에서 활약하기도 했다.