GS그룹은 크게 에너지(GS에너지, GS칼텍스), 유통(GS홈쇼핑, GS리테일), 건설(GS건설) 부문으로 나뉜다. 최근 3년간 에너지 계열사의 지배구조가 크게 바뀌었다.
GS에너지는GS칼텍스가 자회사를 정리하는 과정에서 지분을 취득해 현재 10개를 보유하고 있다. GS에너지 지배를 받는 자회사들은 △GS칼텍스 △GS파워(50%) △삼일폴리머(100%) △GS플라텍(62.25%) △서라벌도시가스(100%) △해양도시가스(100%) △파워본테크놀로지(50%) △GS퓨얼셀(95.73%) △GS파크24(50%) △살데비다코리아(33.33%) 등이다. GS칼텍스는 18개의 자회사를 거느렸지만 현재 GS그린텍(100%), 상지해운(100%), GS엠비즈(99.94%), GS나노텍(91.69%), AMCO(100%), 이노폴리텍(100%), GS바이오(100%), GS에코메탈(100%) 등 8개를 갖고 있다.
이 중 살데비다코리아의 지분율만 낮은 데는 이유가 있다. 살데비다코리아는 광물자원공사가 GS칼텍스, LG상사와 동등하게 출자한 컨소시엄이기 때문이다. 살데비다코리아는 지난 2010년 아르헨티나 살데비다 리튬 탐사사업 합작계약을 체결해 리튬광 지분 30%를 최초로 확보했다.
GS칼텍스는 바이오부탄올 개발을 담당하는 GS바이오와 폐촉매 재생업체인 GS에코메탈 지분 나머지를 GS글로벌로부터 전부 가져와 자회사로 두게 됐다. GS글로벌은 기존 자회사 4개에서 피엘에스(90%), 디케이티(70.36%)만 거느리게 됐다.
GS홈쇼핑의 변화도 두드러진다. GS홈쇼핑은 상품소싱과 마케팅 자회사인 GS샵티앤엠을 지난해 10월 청산해 현재 GS텔레서비스(100%), 에이플러스비(96.84%)를 소유하고 있다. 에이플러스비는 설립 당시 지분율이 40%였지만 지난해 유상증자 참여로 96.84%까지 높였다. 반면 GS리테일은 GS왓슨스(50%), 후레쉬서브(100%), GS넷비전(100%), CV에스넷(32.45%) 등 큰 변화 없이 유지되고 있다.
GS건설은 지주사 지배를 받지 않고, 허창수 회장이 지분 29.4%를 보유하고 있다. 현재 지에스텍(100%), 파르나스호텔(67.56%), 의정부경전철(47.54%), 서울문산고속도로(45.5%), 옥산오창고속도로(74.38%), 은평새길(57.93%), 자이서비스(100%), 이지빌(83%), GCS플러스(100%), 비에스엠(100%), GS O&M(100%), 상락푸드(98.46%), 대구그린에너지센터(40%) 등 13개 자회사를 거느리고 있다.
GS건설 주주 중에는 GS네오텍도 있다. GS네오텍은 허창수 회장의 동생 허정수 GS칼텍스 대표 일가가 지분 100%를 소유한 회사다. GS건설은 GS리테일에 1.76% 지분을 출자했다.
이밖에 이밖에 위너셋은 GS자산운용과 GS플라텍에 출자하고 있다. 허창수 회장의 사촌 허용수 GS에너지 부사장 일가가 지분 97.63%를 보유한 위너셋은 GS플라텍에 62.25%를 출자했으며, 허창수 회장 일가가 지분 35.75%를 보유한 GS자산운용에도 지분 55.92%를 출자했다.