문 후보자의 과거 발언이 보도되면서 야당은 물론 여당에서조차 사퇴해야 한다는 목소리가 커지고 있다. 새정치민주연합 박광온 대변인은 12일 국회 브리핑에서 “일본 극우 교과서보다 더 반역사적이고 반민족적 발언이다. 국민을 모독하고 국격을 조롱했다”면서 “이번 인사는 건국 이래 최대의 인사 참사”라고 비판했다. 박 대변인은 “청와대는 일단 국민 여론을 지켜보겠다는 반응을 내놨지만, 이는 여론을 제대로 알지 못하는 것”이라며 “박 대통령은 즉각 지명을 철회하고 국민께 사과해야 한다”고 촉구했다.
새누리당은 방어에 나섰다. 이완구 원내대표는 이날 평화방송 라디오 ‘열린세상 오늘’에서 “‘우리가 좀 잘해보자, 앞으로 미래지향적으로 우리 민족이 더 잘하자’는 뜻이 아니었을까 싶다”면서 “악의를 갖고 했다고 생각하지는 않는다”고 말했다.
그러나 여당 내에서도 사퇴해야 한다는 주장이 제기되고 있다. 정문헌 의원은 비상대책위원회의에서 “인사청문회 절차도 있겠지만 이를 통과하더라도 이런 역사인식을 갖고 있다면 국정 운영의 앞날에 걱정이 든다”면서 “안 후보자 검증도 실패했는데 인사검증 시스템에 심각한 오류가 있다”고 비판했다. 새누리당 초선의원 6명은 이날 성명을 내고 문 후보자의 자진 사퇴를 요구했다.
문 후보자는 과거 발언을 보도한 언론사가 악의적이고 왜곡된 편집을 했다며 법적 대응도 불사하겠다는 등 적극적인 대응에 나섰다. 이석우 총리실 공보실장은 이날 오후 문 후보자 집무실이 있는 정부서울청사 창성동별관에서 준비단 명의로 기자회견을 통해 “전혀 사실과 부합되지 않음을 분명히 말씀드리며, 당해 언론사의 보도책임자를 상대로 허위 사실에 의한 명예훼손 등 혐의로 법적대응에 나설 것”이라고 밝혔다.
하지만 정부와 여당에서는 문 후보자가 버티더라도 여론이 급격하게 악화되는 상황에서 청문회 통과를 장담하기 어려울 뿐 아니라, 국정에 부담을 줄 수 있다는 우려가 나오고 있다. 더구나 중앙일보 주필로 활동하며 작성했던 칼럼에 문제가 제기되고 있는데다 특파원 시절 박사학위 취득 과정과 논문 표절 여부에 대해서도 의혹이 제기되고 있다. 또 문 후보자의 친동생이 구원파로 분류되고 있는 선교회에서 장로로 활동하고 있다는 언론보도가 나오면서 진퇴양난에 빠졌다.