이번 제도 변경에 있어서 가장 부각되는 부분은 세가지다. △400만원 이상의 추가 불입금에 대해서 자유로이 인출이 가능하고 △1800만원으로 한도가 상향 조정되면서 절세계좌로 활용될 수 있고 △공적연금과의 분리과세로 교직원, 공무원 등 공적연금 가입자도 해당 계좌 가입 및 추가 불입의 동기가 부여됐다는 점이다.
추가불입금의 수시 인출을 절세계좌로 활용하는 방안을 묶어서 고려해 보면 5000만원 이상의 근로소득자는 400만원으로 소득공제를 받고 1400만원의 추가 불입금을 과세자산펀드(해외펀드, 국내채권펀드 등)에 투자하면 15.4%의 원천징수를 피할 수 있다. 또 펀드 수익도 연금수령까지 종합금융과세로 합산되지 않아 절세계좌로 활용도가 높아진다. 특히 추가 불입금의 원금에 대해서는 인출이 가능한 만큼 과세자산펀드 투자 전용 절세계좌로 활용하기에 적합하다. 공적연금과의 분리과세로 공적연금 가입자들이(공무원, 교직원 등) 연금저축계좌에 추가 불입금을 불입할 동기가 생기게 돼 새로운 시장이 예상된다.
이같은 장점에도 불구하고 기존 가입자들이 제대로 활용하지 못하고 있는 점은 아쉽다.
2013년 8월말까지 연금저축상품(계좌) 내 펀드로 투자된 총 규모는 5조9000억원 수준인데 이중 주식형/주식혼합형이 약 80%, 채권형/채권혼합형이 약 20%로 주식형 자산에 치우쳐 있고 이중 해외펀드 비중은 6% 미만이다. 자산군별(주식/채권 등), 지역별(국내/해외) 분산이 제대로 이뤄져 있지 않고 특히 연금저축상품의 장점인 절세혜택을 활용하지 못하고 있다. 국내주식형펀드를 연금계좌로 투자하는 것에 대해서는 효과가 의문이다. 합리적인 투자자라면 분산투자와 함께 연금저축계좌의 장점을 최대한 살릴 수 있는 과세자산펀드에 일정 부분 투자하는 것이 바람직하다. 이는 주식형의 경우 한도가 없는 일반펀드 계좌에서 투자해도 비과세가 되기 때문에 굳이 한도(1800만원)가 있는 연금저축계좌 내에서 국내 주식형 펀드를 투자할 동기 부여가 적기 때문이다. 따라서 국내 주식형은 일반펀드계좌에서 투자하고 연금저축계좌 내에서는 과세자산펀드에 투자하는 것이 합리적이다.