대법원2부(주심 권순일 대법관)는 삼성생명이 남대문세무서장을 상대로 낸 경정청구거부처분 취소 소송 상고심에서 원고 패소 결정한 원심판결을 파기환송 했다고 29일 밝혔다.
삼성생명은 2012년 11월과 2013년 11월에 종부세(농어촌특별세 포함) 등으로 각각 120억 원의 세금을 납부했다. 당시 삼성생명은 국세청의 종합부동산세 신고서 작성 프로그램(CRTAX-C)을 통해 합산배제 대상 주택에 관한 합산배제신고서를 제출했다.
이후 삼성생명은 2015년 11월에 해당 귀속 연도의 종부세의 제산세액 공제방식이 잘못됐다며 총 40억 원의 종부세 감액경정청구를 했다. 그러나 남대문세무서가 2012년, 2013년 귀속 종부세 등 결정 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 이후 경정청구를 했다며 받아들이지 않자 소송을 냈다.
이번 사건의 쟁점은 합산배제신고를 근거로 낸 종부세의 경정청구신청 기한을 통상 과세표준 방식과 마찬가지인 5년 이내로 적용할 수 있는지였다. 합산배제 방식은 납세자가 미리 종부세 과세대상이 아닌 주택 내역을 신고하면 세무당국이 이를 반영해 세액을 정하는 것을 말한다. 통상의 세금 납부 절차는 과세대상과 세액을 신고해 과세표준을 적용한다.
1심은 "합산배제 방식도 과세표준을 신고하는 것과 같은 의미를 갖는다"며 삼성생명에 손을 들어줬다. 반면 2심은 합산배제와 과세표준 신고는 다르다며 원고 패소 결정했다.
그러나 대법원은 "삼성생명이 합산배제신고서를 제출하고, 이를 반영한 납세고지서에 따른 종부세를 이의 없이 냈다"며 "이는 합산배제신고 없이 신고납부한 경우와 마찬가지로 5년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 보는 게 타당하다"고 판단했다.