시민단체의 궁극적 목표는 공익이라는 점에서 사익을 지향하는 다른 이익집단과 차별화된다.
하지만 일부 시민단체와 단체 출신 인사들이 자신들의 입장만을 대변하려 한다거나 시민보다 단체의 이익을 위해 정치적 영향력을 내려 하고 있다는 우려 섞인 목소리가 나오고 있다. 또 일부 인사는 시민단체를 정치입문의 징검다리로만 삼고 있다는 비판도 받고 있다.
해외의 경우 시민단체의 정치적 세력화가 자연스럽게 받아들여지고 있거나 또는 지역 정당이라 주장하며 정치참여를 하는 경우도 있다.
미국 정치참여 시민단체인 무브온(Moveon)은 웹 캠페인 운동으로 미국 현재 대통령인 벼락 오바마를 당선시키는 등의 활약을 펼치기도 했다.
또 무브온은 일상 시기와 선거시기를 구분해 선거기간에는 적극적 선거 캠페인을 펼치고 일상에서는 정치 조직과 운동을 전개하고 있다.
특히 정치적 의제설정과 여론환기, 청원 의정감시, 지역 발전 등의 시민운동을 함께 펼치는 등 적극적인 정치참여를 하고 있다.
이 단체가 이런 적극적 정치 활동을 펼칠 수 있는 것은 미국의 연방조세법 때문이며 이 단체는 연방조세법상 비영리단체들을 지칭하는 501 그룹에 속해 시민단체와 정치활동위원회로서의 이중적 지위를 가지고 있기 때문이다.
반면 일본의 대표적인 시민단체인 가나가와네트워크는 시민단체 출신인사들이 선거에 출마할 경우 단체를 탈퇴하는 등 선거와 시민단체의 연관성을 차단하며 중립성을 지키고 있지만 단체 스스로는 지역정당이라 부르며 정당활동에 적극적이다.
즉 단체 출신인사들의 개인적 출마는 차단하지만 단체의 정당 활동은 허용하고 있는 것이다.
가나가와네트워크는 국회의원 후보자와 정치계약을 맺고 발언권을 행사하고 가나가와네트워크의 선정위원회를 거쳐 네트워크의 대리인 자격으로 의회로 보낼 후보자를 선택하기도 한다.
대리인이라 불리는 이들 후보자의 임기를 2기 8년으로 제한해 정치권력으로서의 매너리즘을 불식시키고 있으며 특히 단체가 배출한 30여명 의원의 급여와 3000여명의 일반 회원들의 회비로 운영되고 있다.