이베이코리아가 3700여만 원의 가산세 부과를 취소하라며 세무당국을 상대로 낸 소송에서 최종 패소했다.
대법원 1부(주심 오경미 대법관)는 18일 이베이코리아가 용인세무서장을 상대로 낸 가산세부과처분 취소 소송에서 원고패소 판결한 원심을 확정했다고 밝혔다.
재판부는 하나의 사업자가 여러 사업장을 운영하더라도 세금 신고는 실제 용역을 받은 사업장에서 해야한다고 봤다.
이베이코리아는 2015년 8월 그동안 물류 위탁을 해온 CJ대한통운과 물류대행수수료율을 인상하고 같은 해 6월분부터 이를 소급 적용하기로 했다. 먼저 지급한 6~11월에서 수수료 인상으로 발생한 차액 12억여 원은 CJ대한통운이 그해 말 따로 청구하고 이베이코리아는 세금계산서를 발급받기로 했다.
이베이코리아는 같은 해 12월 용인세무서에 사업장 소재지를 용인시 소재 물류센터로 해 사업자등록을 했으나 며칠 뒤 본점이 있는 역삼세무서에 사업자 단위 사업자 등록 신청을 했다. 이에 따라 용인의 사업자등록은 말소됐다.
이베이코리아는 다음 해 1월 용인세무서에 전년도 하반기 매입·매출세액을 계산해 1억7000여만 원을 환급받아야 한다는 부가가치세 확정 신고를 했다.
그러나 용인세무서는 이베이코리아가 CJ대한통운에서 받은 정산수수료 12억여 원은 용인 사업장이 아니라 서울 본점이 기준이므로 환급 세금을 계산할 때 빼야 한다고 봤다.
또 이베이코리아가 세금계산서를 잘못 냈다며 불성실·초과환급신고 가산세 3700여만 원을 부과했다.
이베이코리아는 이에 불복해 소송을 냈다. 법원은 가산세 부과처분에 절차상 하자가 있다는 이유로 이베이코리아에 손을 들어줬다 .
이후 용인세무서는 과세예고통지 절차를 거치는 등 절차상 문제를 해결한 뒤 다시 이베이코리아에 2718만 원의 불성실 가산세를 부과했다.
이베이코리아가 낸 두 번째 불복 소송에서 법원은 세무당국의 손을 들어줬다.
1ㆍ2심은 "세금계산서에 '공급자'와 '공급받는 자'라는 칸이 있다"며 "CJ대한통운의 물류대행용역을 '공급받는 자'는 이베이코리아 본사이므로 세금 신고는 역삼세무서에 했어야 한다"고 지적했다.