양측은 회담 공식명칭 ‘남북당국회담’으로 하고, 남북당국회담을 12일부터 1박2일간 서울에서 열기로 했다. 또한 수석대표 등 대표단의 규모는 각각 5명씩 구성키로 했다. 북측 대표단의 왕래 경로는 경의선 육로로 하기로 합의했다. 추가적인 실무적 문제는 판문점 연락관을 통해 협의하기로 했다.
그러나 수석대표와 관련해서는 남측은 발표문에 “남북 문제를 책임지고 협의 해결할 수있는 당국자로 한다”고, 북측은 “단장은 북측의 상급 당국자”로 한다고 적었다.
양측이 오전 회담에서 ‘12일 서울에서 장관급 회담을 개최한다’고 합의할 때만 해도 회담을 순항하는 듯 보였다. 통일부 김형석 대변인은 오전 회담 종료 후 브리핑을 통해 “현재까진 별다른 논쟁 없이 차분하게 실무접촉에 걸맞은 협의를 진행했다”고 순조로운 회담 분위기를 전했다.
개성공단 정상화, 금강산 관광 재개. 이상가족 상봉에 대해서는 이견이 없었지만 문제는 북한 대표단으로 김양건 통일전선부장의 참석여부와 615 공동선언 기념행사 포함 여부였다.
우리 측은 장관급 회담 당자자로 통일전선부 부장이 나와야 한다는 입장을 고수했고 북한측은 조국평화통일위원회 서기국 국장을 대표로 할 것을 주장한 것으로 전해졌다. 또 6·15 공동선언 기념행사 문제 등을 공식적 의제로 포함시킬지 여부를 두고 막판 줄다리기가 이어졌다. 북한 측은 ‘6.15 및 7.4 발표일 공동 기념문제’를 포함시켜야 한다고 주장했지만 우리측은 이에 부정적인 입장을 피력한 것으로 알려졌다.
양측은 오후 5시에 2차 수석 대표회의를 개회한 이후 자정까지 6차례 수석 대표간 회의를 이어갔다. 양측은 오후 7시 35분께 시작된 4차 수석대표 회의부터는 앞선 회의보다 장시간 회의를 이어갔지만 최종 합의에는 이르지 못했다. 자정을 넘긴 10일 새벽 1시 55분께 7차 수석대표 회의가 개회됐고 이는 10여분만에 끝났다. 이후 8차 수석대표 회의를 거쳐 3시께 8차 수석대표회의를 종료하고 전체회의를 재개했다.
이날 회의는 총 18시간이 걸렸지만 실제 회담은 10분에서 길게는 1시간 30분으로 비교적 짧게 진행됐다. 수석대표회의 후 상대측의 요구 사항을 각각 서울과 평양에 전달하고 수정된 지침을 전달받아 다시 협상테이블에서 조율하는 협상 방식을 이어갔기 때문이다.
양측은 이날 8번의 수석대표회의와 2번의 전체회의를 여는 마라톤 협상을 이어갔지만 핵심 의제에 대해 최종 합의에 이르지 못하고 남북한이 각각 다른 내용을 담은 발표문을 내는데 그쳤다.